Bioinformatica
Páginas: 7 (1634 palabras)
Publicado: 6 de junio de 2011
Analisis Bioinformático de Humanos Modernos, Neandertales y Simios Utilizando DNA Mitocondrial
A.- Búsqueda de secuencias similares en bancos de datos de la red
1. Abre el archivo de secuencias que está en el siguiente vínculo: Secuencias problema de DNAmit http://biologia.uab.es/biocomputacio/tutorial/sessio6/DNAmitsequences.htm Estas secuencias han sido obtenidas por estudiantes ycorresponden a una región de su DNA mitocondrial. Son las secuencias problemas con las que vamos a trabajar. 2. Selecciona una de las secuencias, no selecciones nucleótidos sin resolver (NNNNN) del inicio y final de la secuencia. Copia la secuencia en memoria. 3. Crea un archivo de texto y pon la secuencia en él (usa la aplicación block de notas -o notebook- de Windows). En este archivo se guardarán lassecuencias que se usarán posteriormente. 4. Ve al sitio web del National Center for Biotechnology Information (NCBI) Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ y entre los programas de Blast elige el nucleotide blast. 5. Haz click dentro del cuadro de entrada de datos y pega (paste) la secuencia que has copiado. Selecciona la base de datos Others (nr/nt). 6. Haz click enel botón "BLAST!". Aparece una ventana que informa sobre el trabajo enviado y el tiempo esperado que tardarás en obtener el resultado. También podrías "formatear" el output que obtendrás haciendo click en el link Formatting Options. 7. Primero obtendrás un gráfico de los mejores hits (coincidencias). A continuación BLAST devuelve los resultados de la búsqueda listando los alineamientos de más amenos similitud. Para cada alineamiento hay varios ítems de información (en varias columnas) que se comentan a continuación: La columna 1 es el número de acceso (the accession #) del banco de datos. Si haces click en este vínculo obtendrás información detallada de la secuencia.
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La columna 2 es un descriptor breve de la secuencia encontrada.
La siguiente columna da una puntuación (Score)que cuantifica la similitud de las secuencias. Si haces click en la puntuación te vincularás a una comparación base a base de las secuencias. La columna E-value da la probabilidad de que la similitud entre la secuencia problema y la encontrada en la base de datos se deba al azar.
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8. Observa que los resultados devueltos indican que la secuencia es de la región controladora o loop D del DNAmitocondrial. 9. Infórmate de más detalles de uno de los resultados haciendo click en el número de acceso.
10. Ahora obtén una secuencia de esta misma región en el Entrez Nucleotide http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez buscando en la base de datos nucleotide para los términos control region homo sapiens y filtrando para Mitochondrion (Limits - Gene location: mitochondrion. Compara lasecuencia obtenida con tu secuencia problema usando el Blast2seq, que se encuentra al final de la página del BLAST del NCBI http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ , en el ítem "Align two sequences using BLAST (bl2seq)" . Este BLAST especial sirve para alinear dos secuencias. En el alineamiento resultante fíjate en las secuencias no emparejadas contando los pares no conectados por líneas verticales. Anota elnúmero (no incluyas los nucleótidos sin resolver N ni las inserciones/deleciones (gaps) señaladas con este símbolo "-").
B.- Localización de la secuencia problema en el genoma mitocondrial
Genoma mitocondrial humano
Ahora vas a localizar la posición de la secuencia dentro del genoma mitocondrial 1. Conéctate a Mitomap, the mitochondrial DNA databank. http://www.mitomap.org/ 2. Desplázatehacia abajo y conéctate a "The Human Mitochondrial DNA sequence". 3. Copia la secuencia entera (16.569 bp). (Una forma fácil para seleccionar toda la secuencia es seleccionar una pocas líneas del principio, y a continuación vas al final de la secuencia. Aquí teclea shift y el ratón al mismo tiempo.) Si falla la conexión,
4.
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6. 7. 8.
9. 10.
alternativamente puedes usar la...
A.- Búsqueda de secuencias similares en bancos de datos de la red
1. Abre el archivo de secuencias que está en el siguiente vínculo: Secuencias problema de DNAmit http://biologia.uab.es/biocomputacio/tutorial/sessio6/DNAmitsequences.htm Estas secuencias han sido obtenidas por estudiantes ycorresponden a una región de su DNA mitocondrial. Son las secuencias problemas con las que vamos a trabajar. 2. Selecciona una de las secuencias, no selecciones nucleótidos sin resolver (NNNNN) del inicio y final de la secuencia. Copia la secuencia en memoria. 3. Crea un archivo de texto y pon la secuencia en él (usa la aplicación block de notas -o notebook- de Windows). En este archivo se guardarán lassecuencias que se usarán posteriormente. 4. Ve al sitio web del National Center for Biotechnology Information (NCBI) Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ y entre los programas de Blast elige el nucleotide blast. 5. Haz click dentro del cuadro de entrada de datos y pega (paste) la secuencia que has copiado. Selecciona la base de datos Others (nr/nt). 6. Haz click enel botón "BLAST!". Aparece una ventana que informa sobre el trabajo enviado y el tiempo esperado que tardarás en obtener el resultado. También podrías "formatear" el output que obtendrás haciendo click en el link Formatting Options. 7. Primero obtendrás un gráfico de los mejores hits (coincidencias). A continuación BLAST devuelve los resultados de la búsqueda listando los alineamientos de más amenos similitud. Para cada alineamiento hay varios ítems de información (en varias columnas) que se comentan a continuación: La columna 1 es el número de acceso (the accession #) del banco de datos. Si haces click en este vínculo obtendrás información detallada de la secuencia.
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La columna 2 es un descriptor breve de la secuencia encontrada.
La siguiente columna da una puntuación (Score)que cuantifica la similitud de las secuencias. Si haces click en la puntuación te vincularás a una comparación base a base de las secuencias. La columna E-value da la probabilidad de que la similitud entre la secuencia problema y la encontrada en la base de datos se deba al azar.
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8. Observa que los resultados devueltos indican que la secuencia es de la región controladora o loop D del DNAmitocondrial. 9. Infórmate de más detalles de uno de los resultados haciendo click en el número de acceso.
10. Ahora obtén una secuencia de esta misma región en el Entrez Nucleotide http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez buscando en la base de datos nucleotide para los términos control region homo sapiens y filtrando para Mitochondrion (Limits - Gene location: mitochondrion. Compara lasecuencia obtenida con tu secuencia problema usando el Blast2seq, que se encuentra al final de la página del BLAST del NCBI http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ , en el ítem "Align two sequences using BLAST (bl2seq)" . Este BLAST especial sirve para alinear dos secuencias. En el alineamiento resultante fíjate en las secuencias no emparejadas contando los pares no conectados por líneas verticales. Anota elnúmero (no incluyas los nucleótidos sin resolver N ni las inserciones/deleciones (gaps) señaladas con este símbolo "-").
B.- Localización de la secuencia problema en el genoma mitocondrial
Genoma mitocondrial humano
Ahora vas a localizar la posición de la secuencia dentro del genoma mitocondrial 1. Conéctate a Mitomap, the mitochondrial DNA databank. http://www.mitomap.org/ 2. Desplázatehacia abajo y conéctate a "The Human Mitochondrial DNA sequence". 3. Copia la secuencia entera (16.569 bp). (Una forma fácil para seleccionar toda la secuencia es seleccionar una pocas líneas del principio, y a continuación vas al final de la secuencia. Aquí teclea shift y el ratón al mismo tiempo.) Si falla la conexión,
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alternativamente puedes usar la...
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