Bioinformatica

BIOINFORMÁTICA
Búsqueda y análisis de secuencias y estructura de ácidos nucleicos y
proteínas (Parte II)

Objetivos
-Conocer y utilizar las herramientas computacionales para la búsqueda y análisis de secuencias y estructur a de ácidos nucleicos y proteínas

Método:

a) Proteínas

1) Accese a la página del National Center for Biotechnology In formation (NCBI) en la dirección URLhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/ En la opción Search localizada en la esquina superior izquierda de la página, seleccione Protein.

2) En el cuadro siguiente, escriba “human histone H1”. Esta búsqueda le mostrará como resultado varias secuencias.
3) Seleccione una de las secuencias. Revise las opciones de formato GenPept, Graphics y FASTA. ¿Cuáles son las diferencias entre cada uno de losformatos? Copie la secuencia de aminoácidos presentada en este último formato y péguela en un archivo de procesador de textos.
4) Accese a la página del Protein Data Bank (PDB) en la dirección URL <http://www.pdb.org> ¿Qué significan las siglas RCSB?
5) En el cuadro de búsqueda, escriba las palabras Histone H1 y de click en, el botón Search. Le aparecerán varios resultados, en ellos semuestra el título del artículo de investigación científica en el que se publicó la estructura de la proteína, la fecha de publicación de los resultados, la técnica experimental con la que se determinó la estructura, la molécula que se analiza, el número de subunidades que la conforman. ¿Qué otro tipo de información se muestra?
6) Busque la molécula con la clave 1GHC y de click sobre la imagende la estructura terciaria. Esto le permitirá visualizar una imagen de la proteína, en la representación denominada “listones”. ¿De qué organismo provine esta proteína?
7) De click en la imagen de la proteína en cuyo pie de figura tiene la leyenda “Visualizar con Jmol”. Con ello, usted visualizará la estructura terciaria con un programa que le permite mover, rotar, acercar y alejar laproteína, cambiar la forma de representación, medir distancias entre átomos, entre otras funciones. De click derecho sobre la imagen, seleccione la opción Estilo en el menú emergente, y posteriormente la opción Caja¿qué es lo que ocurre?, pruebe con las opciones, Ejes, Estereografía, Patrón y Estructuras¿qué ocurre en cada una de ellas?
8) Nuevamente, en el menú que emerge al dar click derecho sobre laimagen, seleccione la opción Superficies de Van der Waalsy superficie accesible, al solvente, ¿Qué es lo que ocurre?, ¿qué es la superficie de Van der Waals y la superficie accesible al solvente?, ¿cuáles son las diferencias entre ellas?
9) Elija la representación en “cohetes y cintas” en la opción EstiloEstructurasCohetes y Cintas ¿Qué estructuras de la proteína resalta este tipo derepresentación? Guarde la imagen de la proteína en formato de imagen JPG, eligiendo la opción GuardarImagen JPG, en el menú emergente.
10) En la esquina superior derecha de la ventana de visualización de la imagen se encuentran las opciones Display Files, Download Files y Share this pagePara guardar el archivo en una unidad de almacenamiento de datos, de click en Download Files y a continuación en PDBFile (text)Posteriormente, al abrir este archivo con un procesador de textos usted observará cómo están almacenadas las coordenadas de cada átomo de la proteína (xi, yi, zi). En las líneas que inician con la palabra ATOM, las coordenadas son los números que le suceden.

b) Ácidos nucleicos
A continuación, visualizaremos oligonucléotidos que presentan distintas estructuras secundarias (forma A,forma B y forma Z). Cierre todas las ventanas y accese a la página del NCBI.

1) En el menú de búsqueda, seleccione, la opción Structurey en el cuadro de búsqueda escriba “B -DNA” De entre las resultados, seleccione el que mejor represente este tipo de estructura, una opción es la molécula con la clave (PDB ID): 1WQZ. Dé click en la clave de la molécula, observe la referencia de la que...