Bioq II

Velocidad de renaturalización: la velocidad de renaturalización del ADN de un organismo está relacionada con su complejidad. La complejidad se define como la suma del número de nucleótidos que tiene cada tipo de secuencia sin tener en cuenta el número de veces que esta repetida. El ADN de los virus y las bacterias en su mayoría sólo tiene secuencias que están una sola vez en el genoma(secuencias únicas). Sin embargo, los organismos más complejos, como los eucariontes, presentan distintos tipos de secuencias en su genoma. Los eucariontes tienen secuencias únicas (SU), secuencias de bajo número de copias (SBNC, 2-10 copias), secuencias repetidas (SR, alrededor de 102 copias) y altamente repetidas (SAR, 103 a 106copias).
Las curvas Cot de organismos eucariontes con diferentes tipos desecuencias, poseen varios puntos de inflexión. Cada uno de ellos correspondiente a un tipo de secuencias (únicas, moderadamente repetidas, y altamente repetidas).
Como en el caso de las curvas de fusión, también se utiliza como medida el punto medio de la reacción de renaturalización, es decir, el Cot ½ o tiempo al que se ha reasociado la mitad del ADN. El Cot ½ es directamente proporcional a lacomplejidad del ADN del organismo. Valores de Cot ½ bajos (10-4 a 10-1) corresponden a secuencias altamente repetidas, valores de Cot ½ comprendidos entre 10 y 102 corresponden a secuencias moderadamente repetidas y las secuencias únicas o de bajo número de copias dan lugar a valores de Cot ½ altos (mayores de 103).
Paradoja del valor C=
La paradoja del valor C afirma que no siempre ocurre que unorganismo más complejo morfológicamente tenga un genoma más grande. Es lógico pensar que un organismo superior tenga un genoma mayor para producir más proteínas y que estás mantengan una función específica en el organismo.
Sin embargo, no siempre es así.
La complejidad es el número de secuencias que no se repiten, expresada en número de pares de bases.
Los organismos que carecen de secuenciasrepetidas, como virus y bacterias, tienen forma de S (tienen un solo punto de inflexión), ya que todas las secuencias son únicas y tienen la misma probabilidad de encontrar a su complementaria para formar la doble hélice.
Electroforesis en gel:
Los geles de agarosa se obtienen por suspensión de agarosa en polvo en un tampón acuoso (generalmente un buffer básico para asegurarnos que el ADN tenga carganegativa), tras lo cual se calienta la mezcla lentamente hasta que la agarosa funda y se convierte en una solución transparente. Se deja enfriar. Al endurecerse, la agarosa forma una matriz cuya densidad viene determinada por su concentración.
Buffer de electroforesis:
Además de generar un medio básico, los buffer son necesarios para elevar la conductividad eléctrica para que el ADN pueda desplazarsecon mayor facilidad. Un buffer con mayor fuerza iónica implica una mayor migración del ADN, es por ello que los buffer suelen prepararse concentrados. pH=8
Las moléculas de ADN o ARN sometidas a electroforesis se desplazarán al polo positivo ya que, a pH>5 poseen carga negativa.
La distancia recorrida por cada fragmento de ADN es inversamente proporcional al logaritmo de su PM. Es importanteusar marcadores de tamaño conocido porque nos permitirán calcular los PM de las muestras de ADN.
En el caso de los geles de agarosa, se le añade bromuro de etidio, sustancia que se intercala entre las bases del ADN y es fluorescente cuando se ilumina con UV.
EL bromuro de etidio se liga fuertemente al ADN mediante enlaces covalentes en soluciones salinas concentradas y al hacerlo, disminuye ladensidad del ADN aproximadamente unos 0,15 gr/ mL. La unión es una intercalación entre los pares de bases del ADN ocasionando el desenrollamiento de la molécula de ADN, de manera que se puede intercalar más bromuro de etidio.
Un mecanismo propuesto de intercalación es como sigue: en solución acuosa isotónica, el intercalador catiónico es atraído electrostáticamente al ADN polianiónico. El ligando...