informe 3 virtual

INFORME VIRTUAL DE LABORATORIO
ANALISIS BIOINFORMÁTICO DE ÁCIDOS NUCLEÍCOS:
RECUPERACIÓN DE SECUENCIAS DE ADN Y BLAST



DOCENTE
RAÚL EDUARDO RIVERA QUIROGA





ASIGNATURA

BIOQUÍMICA





ESTUDIANTES

ANYELO ANDRÉS GONZÁLEZ
EDWIN STIVEN QUIGUANÁS
DIEGO MAURICIO RAMIREZ
GINA MARCELA JIMÉNEZ






UNIVERSIDAD DELQUINDÍO
PROGRAMA DE BIOLOGÍA
FACULTAD DE CIENCIAS BÁSICAS Y TECNOLOGÍAS
2014

Protocolo para la recuperación de una secuencia de ADN del GenBank.

2.
¿Qué bases de datos poseen información sobre nuestra búsqueda?
Literature
Gen
Health
Genomes
Chemicals
Proteins
¿Indique que tipo de información se encuentra en dos de estas bases de datos?
Genes
EST 116 expressedsequence tag sequences
Gene 135 collected information about gene loci
GEO DataSets 318 functional genomics studies
GEO Profiles 8,881 gene expression and molecular abundance profiles
HomoloGene 2 homologous gene sets for selected organisms
PopSet 245 sequence sets from phylogenetic and population studies
UniGene 11 clusters of expressedtranscripts

Genomes
Assembly 0 genomic assembly information
BioProject 7 biological projects providing data to NCBI
BioSample 2 descriptions of biological source materials
Clone 1,020 genomic and cDNA clones
dbVar 971 genome structural variation studies
Epigenomics 0 epigenomic studies and display tools
Genome 1 genome sequencing projects by organism
GSS 2genome survey sequences
Nucleotide 9,578 DNA and RNA sequences
Probe 76 sequence-based probes and primers
SNP 3,066 short genetic variations
SRA 0 high-throughput DNA and RNA sequence read archive
Taxonomy 0 taxonomic classification and nomenclature catalog

4.
¿Cuál es el código de acceso?
R/ Z46633
¿Cuantos pares de bases tiene la secuencia?
R/550 pares de bases
¿Quétipo de secuencia es ADN, ARNt, ARNm?
R/ ADN
¿Cuáles son los autores, el título y la revista en que fue publicada?
R/
Autor: Barouch,D., Krausa,P., Bodmer,J., Browning,M.J. and McMichael,A.J.

Titulo: H. sapiens HLA-A gen for lymphocyte antigen

Revista: National Center for Biotechnology Information

5.

¿Qué es el formato fasta?

R/ es el formato más común de secuencia de ADN, ARNy proteínas es un formato texto ( se puede escribir o leer en un bloc de notas). Hay unas líneas de descripción y unas líneas donde esta nuestra secuencia. Pero la secuencia máxima de las líneas del formato fasta es de 80 caracteres de longitud, es decir que cuando llegamos a 80 se empieza una nueva línea


Analisis de Similaridad de secuencias en BLAST


1.

¿Qué es el nucleotide blast?R/ es una base de datos en la cual se pueden secuenciar los nucleótidos.


2.

¿Qué significa Query secuence?.

R/ Es el puntaje obtenido de la secuencia entre 40 y 200 bits.

¿Qué indican los colores del Graphic Summary?

R/ Indican regiones de las secuencias que dan un alineamiento con la el puntaje que va desde 40 a 200 bits. Es decir, los colores indican los números de pares debases.

En la tabla de Descriptions, indique que significa el E VAlue e Ident.

R/
¿Cuál es el (E) valor de expectación?

El valor de expectación (E) es un parámetro que describe el número de visitas se puede "esperar" a ver por casualidad cuando se busca una base de datos de un tamaño determinado. Disminuye de manera exponencial como el Score (S) de los partidos aumenta. Esencialmente,el valor E describe el ruido de fondo aleatorio. Por ejemplo, un valor de E 1 asignado a un golpe puede ser interpretada en el sentido de que, en una base de datos del tamaño actual se podría esperar para ver 1 partido con un resultado parecido, simplemente por casualidad.
Cuanto menor sea el valor de E, o cuanto más cerca está a cero, la más "importante" el partido es. Sin embargo, tenga en...