16S RRNA GEN SECUENCIACIÓN PARA BACTERIANA DE IDENTIFICACIÓN EN EL LABORATORIO DE DIAGNÓSTICO TRADUCCION

16S RRNA GEN SECUENCIACIÓN PARA BACTERIANA DE IDENTIFICACIÓN EN EL LABORATORIO DE DIAGNÓSTICO: VENTAJAS, PELIGROS Y DIFICULTADES
J. Michael Janda and Sharon L. Abbott
El uso de 16S rRNA secuencias de genes para estudiar la filogenia y taxonomía bacteriana ha sido de lejos el marcador genético de limpieza más común utilizado por un número de razones. Estas razones incluyen (i) su presencia encasi todas las bacterias, a menudo existente como una familia multigénica, o operones; (Ii) la función del gen 16S rRNA con el tiempo no ha cambiado, lo que sugiere que los cambios de secuencia al azar son una medida más precisa de tiempo (evolución); y (iii) el gen 16S rRNA (1500 pb) es lo suficientemente grande para los propósitos Informática (12). En 1980 en las listas aprobadas, 1791 nombresválidos fueron reconocidos en el rango de las especies. Hoy en día, este número se ha disparado a 8.168 especies, un aumento del 456% (http://www.bacterio.cict.fr /number.html#total). La explosión en el número de taxones reconocido es directamente atribuible a la facilidad en la realización de 16S rRNA estudios de secuenciación de genes en lugar de las manipulaciones más complicados relacionadoscon la investigación de hibridación ADN-ADN. Hibridación ADN-ADN es inequívocamente el "estándar de oro" para la nueva especie propuesta y para la asignación definitiva de una cepa con propiedades ambiguas a la unidad taxonómica correcta. Sobre la base de la cinética de reasociación de ADN-ADN, la definición genética de una especie es cuantificable, es decir, (i) ca. ? 70% de relación de ADN-ADNy (ii) 5 ° C o menos? Tm para la estabilidad de moléculas de heterodúplex. Ensayos de hibridación de ADN no son sin sus deficiencias, sin embargo, ser mucho tiempo, mano de obra intensiva, y costoso de realizar. Hoy en día, cada vez son menos los laboratorios de todo el mundo realizan tales ensayos, y muchos estudios que describen nuevas especies se basan únicamente en la subunidad pequeña (SSU)secuencias u otros datos polifásicos.
 A principios de 1990 los secuenciadores de ADN disponibilidad en términos de costo, metodologías y tecnología mejoraron drásticamente, de tal manera que muchos centros ahora pueden permitirse tales instrumentos. En 1994, Stackebrandt y Goebel (15) resumen la aparición de la tecnología de secuencia SSU y su potencial utilidad en la definición de una especie.Aunque se ha demostrado que el 16S rRNA de datos de secuencias de genes en una cepa individuo con un vecino más cercano que presenta una puntuación de similitud de? 97% representa una nueva especie, el sentido de la similitud de resultados? 97% no es tan clara (13). Este último valor puede representar una nueva especie o, en su defecto, indicar la agrupación dentro de un taxón previamentedefinido. Tradicionalmente se han requerido estudios de hibridación ADN-ADN para proporcionar respuestas definitivas a tales preguntas. Mientras 16S rRNA de datos de secuencias de genes pueden ser utilizados para una multiplicidad de propósitos, a diferencia del ADN de hibridación (? 70% reasociación) no hay "valores umbrales" definidas (por ejemplo, el 98,5% de similitud) por encima del cual hay unacuerdo universal de lo que constituye definitivo y identificación concluyente al rango de especies.
IDENTIFICACIÓN bacteriano utilizando SECUENCIA rRNA 16S
Bacterias no identificadas o aislados con perfiles ambiguos. Uno de los usos potenciales más atractivos de 16S rRNA secuencias de genes informática es proporcionar género y la identificación de especies para los aislamientos que no encajan enlos perfiles bioquímicos reconocidos, para las cepas que generan sólo una "baja probabilidad" o identificación "aceptable", de acuerdo a los sistemas comerciales, o para los grupos taxonómicos que rara vez se asocia con las enfermedades infecciosas humanas. Los resultados acumulados de un número limitado de estudios hasta la fecha sugieren que la secuenciación del gen 16S rRNA proporciona la...