archivos

Archivos
Un archivo o fichero informático es un conjunto de bits almacenado en un dispositivo.
Un archivo es identificado por un nombre y la descripción de la carpeta o directorio que lo contiene. Los archivos informáticos se les llaman así porque son los equivalentes digitales de los archivos escritos en libros, tarjetas, libretas, papel o microfichas del entorno de oficina tradicional. Losarchivos informáticos facilitan una manera de organizar los recursos usados para almacenar permanentemente datos en un sistema informático virtual.

Tipos de Archivos
Archivos binarios:
De imagen: .jpg, .gif, .tiff, .bmp (Portable bitmap), .wmf (Windows Meta File), .png (Portable Network Graphics), .pcx (Paintbrush); entre muchos otros
De video: .mpg, .mov, .avi, .gif
Comprimidos oempaquetados: .zip, .Z, .gz, .tar, .lhz
Ejecutables o compilados: .exe, .com, .cgi, .o, .a
Procesadores de palabras: .doc

Archivos ascii
Archivos fuente: .f, .c, .p
Formatos de texto: .tex, .txt, .html
Formatos de intercambio: .rtf, .ps, .uu

Dentro de los archivos ASCII de uso común por los programas de bioinformática están los siguientes:
De secuencias: .seq
De secuencias múltiples: .aln, .msf(Multiple Sequence Format, secuencias alineadas), .rsf (Rich Sequence Format, estos archivos pueden incluir una o más secuencias relacionadas o no).
Todos estos archivos se caracterizan por tener ciertos formatos distintivos, que hacen posible su reconocimiento por parte de los programas de manipulación y análisis de secuencias como el PHYLIP, el GCG; entre muchos otros. 



Directorio
Eninformática un directorio o a partir de Windows 95 carpetas de archivos es un contenedor virtual en el que se almacenan una agrupación de archivos de datos y otros subdirectorios, atendiendo a su contenido, a su propósito o a cualquier criterio que decida el usuario. Técnicamente el directorio almacena información acerca de los archivos que contiene: como los atributos de los archivos o dónde seencuentran físicamente en el dispositivo de almacenamiento.
En el entorno gráfico de los sistemas operativos modernos, el directorio se denomina metafóricamente carpeta y de hecho se representa con un icono con esta figura. Esta imagen se asocia con el ambiente administrativo de cualquier oficina, donde la carpeta de cartón encierra las hojas de papel (representando a los archivos de datos) de unexpediente.
En DOS y sus sucesores Windows y OS/2, la sintaxis de una ruta (o path en inglés), indica una jerarquía de directorios, donde el primer elemento puede ser bien la letra indicativa de cualquier Unidad Lógica (disco) en el sistema, o la barra invertida o backslash (\), designando al "directorio raíz" de la unidad lógica actual. Si la ruta comienza directamente en el nombre de undirectorio es una ruta relativa desde el directorio de trabajo actual Por ejemplo, en la ruta "C:\AB\AGENDA", "C:" es la unidad lógica (el disco), "AB" un directorio y "AGENDA" un subdirectorio o un archivo. "AB\AGENDA" podría designar el mismo elemento si el directorio actual es "C:\".
En los sistemas operativos de tipo UNIX, el directorio se organiza a partir del directorio Directorio raíz "/", el cualcontiene archivos y otros directorios. Esos directorios pueden contener archivos y directorios y así sucesivamente. Esto puede organizarse por el sistema en una estructura llamada árbol.
Algunos comandos básicos
La comunicación del usuario con el DOS se realiza a través de comandos. Los comandos son las órdenes dadas al sistema operativo, se introducen a continuación del prompt.
Algunoscomandos son:
 
DIR  [nombre-de-directorio]
MD  nombre
CD    [nombre-de-directorio]
DEL  nombre-de-fichero
RD    nombre-de-directorio
REN nombre-old  nombre-new
COPY   fichero-origen  destino
MOVE origen  destino
FIND   "cadena"  fichero
TYPE   nombre-de-fichero
SORT  fichero
TREE  [nombre-de-directorio]
Muestra los archivos contenidos en el directorio que aparece en el prompt
Crea un...