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Cuando Optimus Prime y los Autobots descubren el Arca, una antigua nave espacial en la que viajaban sus precursores y que se estrelló en la cara oculta de la Luna, se sienten desengañados: La Humanidad ya había estudiado esto en la carrera espacial de los 60, pero a ellos nunca se les dijo nada de ello.
Todo comienza en Cybertron,en plena guerra. Una nave autobot escapa llevando una tecnologiaque habria cambiado todo. Pero la nave se estrella en la Luna y desde la NASA deciden enviar personas alli para investigar el hecho.Ocho años despues el Apollo 11 llega al satelite y los astronautas entran en la nave y no encuentran vida.De regreso,el presidente les ordena no contar la existencia de la nave, pero en la Luna sigue atrapado un autobot vivo. Tiempo despues, Sam Witwicky vive con sunueva novia Carly y dos autobots llamados Wheelie y Brains. Sam habia recibido una medalla de honor por sus actos en Transformers: La venganza de los caidos. Iba a empezar una serie de entrevistas de trabajo, pero echaba de menos a Bumblebee y envidiaba a los autobots.
Mientras, los Autobots seguian librando luchas con los decepticons y humanos malvados. Un misterioso ruso pide ayuda a NEST parainvestigar un laboratorio en Chernobil que daba signos de Energon. Optimus Prime y el coronel Lennox van a investigar y encuentran una pieza crucial del Arca, una parte del motor de propulsión. Pronto son atacados por un decepticon enorme en forma de gusano llamado Driller y su compañero Shockwave, pero logran ganar y recuperan el objeto. El ruso que les pidio ayuda es visitado por Laserbeak y estele da las gracias por ayudar a los Decepticons.
Sam logra conseguir un trabajo en una oficina con un jefe antipatico llamado Bruce, despues va a ver a Carly a su trabajo y conoce a Dylan, el jefe de Carly, y Sam siente celos de el, por su riqueza y atractividad hacia Carly. A la base de Nest llega Charlotte Mearing, la directora de inteligencia nacional para controlar la situacion. Optimus semuestra enfadado porque los humanos no les dijeron que los rusos tenian la parte de la nave autobot. Charlotte les cuenta a todos la historia de la nave que cayo en la Luna. Optimus reconoce esa nave como El Arca, la nave de su mentor, Sentinel Prime. Al no encontrar los humanos ni a Sentinel ni el arma que llevaba, Optimus decide ir a la Luna a buscarlos. En la Luna entran el y Ratchet en El Arca yrescatan al inconsciente Sentinel y 5 extraños objetos en forma de pilares.
Mientras, en Africa se encuentra reunido el lider Decepticon Megatron con sus 3 vasallos Starscream, Soundwave y Laserbeak. El ultimo les dice que los Autobots han rescatado a Sentinel y que el plan va bien. Megatron le ordena matar a todos los humanos que les ayudaron y Laserbeak lo hace. Sam, es asaltado en su trabajopor un compañero que le dice que sus amigos Autobots estan en peligro y le da unas fotos de la parte oscura de la Luna. Ese compañero regresa a su despacho y Laserbeak le ataca y le obliga a seguir ayudando a los Decepticons, pero como se niega, lo mata. Luego, al ver que Sam tiene informacion del lado oscuro de la Luna, lo ataca en su oficina y en el caos, Sam logra huir.
Sam va a ver a Carly yla lleva con el a la base de NEST para informar de todo esto. Pero los soldados no les dejan entrar y los detienen. Pero Bumblebee ordena que les dejen entrar y acceden. Optimus, en ese momento, estaba reactivando a Sentinel con la Matriz de Liderazgo y este, al despertar, se muestra enfadado al no estar en su planeta. Sentinel les cuenta a todos que su nave llevaba cientos de pilares, con esospilares se podia crear un portal espacial para traer Cybertron a la tierra.
Sam,con la informacion que le dio su compañero, descubre que miembros espaciales rusos han sido asesinados y para averiguar el misterio, llama a Simmons, quien ahora es famoso. Este va a su casa con su ayudante Dutch y con Wheelie, Brains y Bumblebee, descubren que esos humanos colaboraron con los Decepticons. Bruce, para...