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Tijuana fue poblada originalmente por los kumiai (k'miai) o los tipai (Alta California) y ipai (Baja California) una de las familias indígenas que junto con los cucapá,paipai, y kiliwa,poblaron el norte de la península de Baja California.
El primer explorador cecatianos que navegó frente a las costas de lo que hoy es el municipio de Tijuana fue Juan Rodríguez Cabrillo, quien recorrió lacosta del puerto de Ensenada, Baja California, México, a San Diego, en seis días, de septiembre 23 al 28, del año de 1542. El valle de Tijuana geográficamente forma parte del valle de San Diego.
En1602, Sebastián Vizcaíno al frente de la Expedición y Levantamiento Cartográfico de la Costa de California, pasó frente a lo que hoy conocemos como Islas Coronado, así como frente a lo que actualmentees Punta Bandera y Playas de Tijuana. En su recorrido advirtió la presencia de los primitivos habitantes del lugar, más adelante ingresó al puerto que nombró San Diego.

En 1769 encontramos de nuevonoticias sobre la región que con el tiempo se llamaría valle de Tijuana; en el diario de Fray Junípero Serra encontramos la siguiente anotación: "Día 1° de Julio (1769) sábado, octava de San JuanBautista, emprendimos de buena mañana nuestra última jornada [...] no lejos de la boca donde estaban dando fondo los paquebotes San Carlos y San Antonio". (estaban fondeadas las naves en la Bahía de SanDiego).
El territorio era atendido material y espiritualmente por la Misión de San Diego de Alcalá que en su frontera sur llegaba a cinco leguas antes del arroyo de San Juan Bautista y por lo tantocomprendía el Valle de Tijuana, esa era al mismo tiempo la frontera o demarcación entre la Alta y la Baja California establecida en el concordato firmado el 7 de abril de 1772, entre losfrailes dominicos y franciscanos, acuerdo legalizado por el virrey Antonio Bucareli y Ursúa. Aún cuando la demarcación entre las dos Californias es confusa se da por sentado que el valle de Tijuana formaba parte...