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La mecánica del corazón esta narrada en primera persona, concretamente desde el punto de vista del protagonista, Jack. Al que también llaman "little Jack" algunos de los personages. Durante toda la trama, aparecen diferentes personages que tendrán algún tipo de repercusión en la vida de Jack y, además, pasara por una serie de circunstancias que lo llevaran a tomar ciertas deciones.

Su historiaempieza, tal y como bien dice la sinopsis, en la noche más fría de la historia en la pequeña ciudad de Edimburgo. En la que en una casa situada en lo alto de una colina que sirve como "orfanato", una prostituta da a luz a un niño demasiado débil como para que sobreviera a esa noche, por lo que la Doctora Madeline se encargará de darle un corazón artificial, un corazón hecho de madera, un reloj decucut para que pueda seguir viviendo. Durante el resto de los años, Jack vive una vida normal rodeado de varios niños que o bien han sido abandonados o han sido concebídos de la misma manera que él, por una prostitua. Madeline, se hace cargo de todos esos niños, pero Jack es el más especial y es rechazo por todos los padres que van a buscar u niño porque desu pecho sale un extraño ruido detic-tac. Pero no solo convive con ellos sino también con Arthur, Anna y Luna. Estas últimas son prostitutas que han dado niños a Madeline.
Un buen día, paseando por la ciudad, ve a una niña de su edad que canta y es algo torpe, el la llama: "La pequeña cantante". Empieza a enamorarse de ella, pero la doctora Madeline le advierte de que no debe tener esos sentimientos, que son peligrosos para él.Algún día, es posible que tengas que pagar un precio muy alto por todo el placer y la alegría que el amor provoca. Y cuanto más intensamente ames, más intenso será el dolor futuro. Conocerás la angustia de los celos, de la incomprensión, la sensación de rechazo y de injusticia. Sentirás el frío hasta en tus huesos, y tu sangre formará cúbitos de hielo que notarás correr bajo tu piel. La mecánica de tucorazón explotará. Yo misma te instalé este reloj, conozco perfectamente los límites de su funcionamiento. Como mucho es posible que resista la intensidad del placer, pero no es lo bastante sólido para aguantar los pesares del amor.

Pero él no le hace caso y la convence para que lo inscriba en el colegio al que se entera que va su pequeña cantante. Pero al llegar allí y empezar a preguntar porsi alguien la conoce, se topa con Joe, un chico enamorado también de la pequeña cantante. Y, es por él, por quien se entera de que su pequeña cantante se llama Miss Acacia. Pero ella se ha ido a su ciudad de origen: Granada y mientras, Joe le hace la vida imposible al pequeño Jack durante los tres años de colegio siendo cruelmente humillado, hasta que, un día, Jack no lo soporta más y estadecidido a devolverle todas las humillaciones sufridas, y es así como cuando Joe lo coge y le arranca la camisa, exponiendo su mecánico corazón a todo el patio del colegio como Jack, cuando Joe se acerco a él, le clava las agujas en un ojo.
Jack escapa temiendo por lo peor.
Se refugia en la casa de la colina, pero tiene que huir, él y la doctora son advertidos por Arthuer de que la policía estasubiendo por la colina y vienen hacia la casa. Así que no le queda más remedio que huir. Pero antes de que se vaya, la doctora le recomienda buscar a un relojero para que le cuide el corazón y no un médico, porque no lo entendería. Así es como llega a Paris y conoce a Méliès, un relojero que lo acompaña en su travesía por Europa hasta la ciudad de Granada donde Miss Acacia actúa en uno de los burdelesde la ciudad. Es así como, se acaban reencontrando y enamorándose locamente el uno del otro, pasando noches en la habitación que él ha conseguido trabajando en el tren fantasma.
Pero la felicidad no es eterna. Cuando llegas al auge de ella, las cosas se vuelven en tu contra para mantener un equilibrio, es aquí, donde vuelve a aparecer en escena el temible Joe. Pero ya no es pequeño, ha crecido...