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Después de haber regresado de su expedición en las Islas Galápagos 15 años antes, Darwin aún está trabajando en terminar un manuscrito acerca de sus hallazgos, quedé pruebas de su teoría de la evolución. El retraso se debe a la ansiedad acerca de su relación con su esposa devota, Emma, ​​que se opone fundamentalmente a sus ideas ycomprende la amenaza a su religión, su obra plantea. Emma se preocupa de que ella puede ir al cielo y que no puede, que los separa de la eternidad.
La películamuestra a Annie en flashbacks y alucinaciones, una aparición animada que incita a su padre para hacer frente a sus miedos y terminar su obra maestra. Es evidente que Annieha muerto, y que su muerte es un tema tabú entre Darwin y Emma, ​​ya que ambos sienten culpa intensa de su muerte. Como resultado de las tensas relaciones entreCharles y Emma, ​​que dejen de hacer el amor por completo. Angustiado, Darwin comienza a sufrir de una misteriosa enfermedad fatigante.
Se revela que después de Annie seenferma en 1851, Darwin se la lleva a la inglesa ciudad de Malvern para James Manby Gully 's terapia cura de agua , en contra de la voluntad de Emma. Condición empeorade Annie, y que en última instancia, muere después de que su padre, a petición de ella, le dice que la historia de Jenny, una vez más. Darwin está devastada, y sumuerte afila su convicción de que las leyes naturales no tienen nada que ver con la divina intervención. Para sus contemporáneos, se trata de una idea tan peligrosa queparece amenazar la existencia de Dios. En un cuadro en el estudio de Darwin, descubrimos las notas y observaciones que se convertirán en El Origen de las Especies .