informe TP3(IBMC)

Turno 9, Grupo 7 
Integrantes: Carignani Mariana; Magalnik Melina; Marrone Demián y Paronetto Julieta. 
Fecha de entrega: 15/05/15 

Informe del Trabajo Práctico n.° 3 
ELECTROFORESIS EN GELES DE AGAROSA 
  
1. ​
Introducción 
 
En  el  siguiente  trabajo   se  llevó  a  cabo  una  electroforesis  en   gel  de  agarosa  con  el 
objetivo  de visualizar topoisómeros de DNA plasmídico (pBluescript II) extraído de bacterias 
Escherichia  coli  y  estimar   el  tamaño  de  fragmentos  de  el  mismo  tipo  de  plásmido  en  forma 
lineal de doble cadena por comparación con migraciones de DNA de tamaño conocido.  

 
1.1 Electroforesis en geles agarosa 
 
La  electroforesis  es  el movimiento de partículas cargadas  al ser sometidas a un campo eléctrico y es un método empleado en la separación macromoléculas  (como DNA y proteínas) 
en función de su tamaño, forma y carga eléctrica. 
 

 

Figura 1:​
 ​
Electroforesis en gel de agarosa. 
 

La  estructura  utilizada  (Fig.  1)  muestra  una cama sobre la que se encuentra está el gel 
de agarosa (derivado del agar­agar), que forma una red estabilizada por uniones no covalentes  
al  ser  disuelto.  La  cama  (con  el  gel)  se  coloca dentro de una cuba electroforética en la que se 
encuentran el ánodo (polo positivo) y el cátodo (polo negativo) junto con el buffer de corrida. 
 
Si  bien  también  es  posible  utilizar  geles  de  poliacrilamida,  cuando  quiere  medirse   la 
migración  en  DNA  o  RNA  lo  más  común  es   la  utilización de la agarosa por el tamaño de los 
poros que este tendrá.  
 

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Turno 9, Grupo 7 Integrantes: Carignani Mariana; Magalnik Melina; Marrone Demián y Paronetto Julieta. 
Fecha de entrega: 15/05/15 

Al  trabajar con ácidos nucleicos, los aniones o grupos fosfatos que los constituyen, les 
confieren  carga  neta  negativa,  por  lo  que  al  someterlos  a  un  campo  eléctrico  en  una 
electroforesis, migrarán hacia el ánodo. 
 
En  dicha  migración,  las  moléculas  se  desplazan  a  través  de una matriz porosa (gel de 
agarosa),  por   lo  que  son  sometidas  a  dos  fuerzas  de  acción  opuestas  que  determinarán  la 
velocidad  de  la  partícula.  Una  es  la  fuerza  eléctrica  de  atracción  al  ánodo  —aportada  por  la 
cuba  electroforética—,  cuyo  resultado  es  una  aceleración  directamente  proporcional  al  
cociente  carga/masa  (q/m);  la  otra  es  la  fuerza   de rozamiento  —produto  de  utilizar  el  gel  de 
agarosa—,  que,  en  base  a  las  características  del   medio   en  el que se trabaje, quitará velocidad 
a  las  moléculas según su tamaño y forma. La necesidad de que exista esa  segunda fuerza es la 
razón por la que se utilizan geles y no soluciones acuosas. 
 
En  los  ácidos  nucleicos  la  relación  q/m  es  independiente  de  la  secuencia  de nucleótidos  (la  masa   molecular  de  todos  los  nucleótidos  es  similar  y  todos  poseen  la  misma 
carga  negativa  del  fosfato),  la  aceleración   impuesta  por  la  fuerza  eléctrica  es  igual  en  todas 
las  moléculas.  Por  lo  tanto  la  diferencia  en  la  velocidad  de  migración  entre  partículas 
dependerá  solamente  de  la fuerza de rozamiento de las mismas, es decir, de su tamaño y/o su 
forma, de forma tal que si la molécula es compacta y/o pequeña, migrará más rápido.  
 
Entonces,  cuando  se  siembra  una  muestra  con  ácidos  nucleicos  de  distinto  tamaño  y 
se  las  hace  correr  por  un  determinado  tiempo,  la  migración  de  las  moléculas  resultante  será 
inversamente  proporcional  al  logaritmo de su peso molecular (o longitud en pares de bases) y 
será posible  estimar  el  tamaño  de  dichas  muestras  corriendo  en  paralelo  ácidos  nucléicos  de 
longitud  conocida.Como  los  ácidos  nucléicos  son  incoloros,  es  necesario  agregar  sustancias  
que  permitan  saber  cuanto  tiempo  hacer  migrar  a  las  moléculas  y  luego  poder  ver  donde  se 
encuentran (ver 2.2).  
 
Regulando  el  porcentaje  de ...