Proteinas

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1. PRESENTACIÓN.


En el presente trabajo se realizó un análisis de 12 secuencias de peroxidasas presentes en diferentes especies vegetales; las secuencias se obtuvieron desde la página Genbank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/) es la base de datos de secuencia genética del NIH (Institutos Nacionales de Salud); posteriormente las secuencias se cargaron a la páginaFrancesa de modelaje molecular 3D de proteínas y péptidos “Pôle Bioinformatique Lyonnais”, los modelos en 3D fueron enviados al correo y reproducidos por el programa de modelaje en 3D “RasMol Versión 2.6”. Las 12 secuencias de peroxidasas descargadas también se les hallaron el peso molecular por medio de la página “Peptidemass” del Portal de Recursos Bioinformáticos (SIB), estas fueron sometidas a lasenzimas tripsina y qimotripsina para realizar el corte de la secuencia y así calcular su masa molecular, a su vez se realizo el cálculo manual de la masa molecular de cada uno de las secuencias. Las secuencias también fueron sometidas a la pagina “Clustawl” donde se realizo la comparación de cada una de las peroxidasas presentes en las diferentes especies vegetales.

2. JUSTIFICACIÓN.


Lasperoxidasas son una enzima ampliamente extendida en toda la escala filogenética, pertenecen a la categoría de las oxidorreductasas; según el Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular se clasifican con los números EC 1.11. Su función principal es oxidar donadores de hidrógeno. Su función fisiológica no se conoce en su totalidad, principalmente por lapresencia de múltiples isoformas. Además se han encontrado notorias diferencias en las propiedades catalíticas y fisicoquímicas entre peroxidasas de diferentes fuentes vegetales.

3. OBJETIVO.


- Alinear y modelar en 3D las peroxidasas presentes en las especies vegetales consultadas.
- Informar sobre el papel y/o función de las peroxidasas.


4. ESPECIES VEGETALES SELECCIONADAS.• Arabidopsis thaliana es una especie de crucífera nativa de Europa, Asia, y el noroeste de África.

• Hordeum vulgare, es una planta monocotiledónea anual perteneciente a la familia de las poáceas (gramíneas); a su vez, es un cereal de gran importancia tanto para animales como para humanos y actualmente el quinto cereal más cultivado en el mundo (53 millones de hectáreas o 132millones de acres).

• Medicago sativa, es una especie de planta herbácea perteneciente a la familia de las fabáceas o Leguminosae.

• Spirodela polyrhiza, es una especie de planta acuática de la familia de las lemnáceas.

• Cucumis sativus es el fruto de una planta herbácea anual de la familia de las cucurbitáceas.

• Oryza sativa, comúnmente llamado arroz, esuna especie perteneciente a la familia de las gramíneas (Poáceas), cuyo fruto es comestible y constituye la base de la dieta de casi la mitad de la población mundial. Su nutriente principal son los hidratos de carbono, aunque también aporta proteínas (7%),minerales y, en estado natural, bastantes vitaminas.

• Armoracia rusticana, conocida comúnmente como rábano picante, rábano rusticano o raíz picante, esuna planta perenne de la familia de las Brassicaceae, en la que se incluyen la mostaza y las coles.

• Glycine max es una especie de la familia de las leguminosas (Fabaceae) cultivada por sus semillas, de medio contenido en aceite y alto de proteína. El grano de soja y sus subproductos (aceite y harina de soja, principalmente) se utilizan en la alimentación humana y del ganado. Se comercializaen todo el mundo, debido a sus múltiples usos.

• Triticum aestivum  un cereal del género Triticum, es la especie de trigo más extensamente cultivada en el mundo.

• Trifolium repens es una especie de trébol nativa de Europa, norte de África, y Asia occidental. Es cosmopolita, al aparecer en distintas ambientes dentro del clima templado húmedo. Es muy importante como forrajera....