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Para aplicar el PHW hay que suponer que:

1) Los organismos son diploides (2n)
2) Que el caracter a analizar, no se haya en un cromosoma que se distribuye de forma diferente de acuerdo al sexo(ejemplo cromosomas sexuales).
3) Los organismos se reproduzcan sexualmente
4) Se produzcan generaciones que se puedan diferenciar perfectamente unas de otras (generaciones discretas)
5) Existaapareamiento aleatorio
6) La población tenga un tamaño bastante grande como para que pueda considerarse como una población infinita.
7) Que la población no experimente selección, migración o intercambiocon otras poblaciones, o mutaciones.

La descripción probabilística del PHW es que los alelos de la siguiente generación para cualquier individuo se eligen aleatoria e independientemente unos deotros. Consideremos dos alelos A y a con frecuencias en la población de p y q respectivamente. Las distintas maneras de formar nuevos genotipos se pueden derivar utilizando un cuadro de Punnett, por elque la fracción en cada celda es igual al producto de las probabilidades de la fila y la columna.



Las tres posibles frecuencias genotípicas finales de la descendencia son:

* f(AA) = p2

*f(AA) = 2pq

* f(aa) = q2

Estas frecuencias se llaman frecuencias de Hardy-Weinberg (o proporciones de Hardy-Weinberg). Y suceden en una generación, en donde se supone que existe apareamientoaleatorio en una población suficientemente grande como para considerarla infinita.

Algunas veces se crea una población juntando machos y hembras con distintas frecuencias alélicas. En este caso, lasuposición de una sola población no se cumple y por lo tanto esta generación no presenta un comportamiento de acuerdo con el equilibrio de Hardy-Weinberg, es decir, no esta en equilibrio. Sin embargolas generaciones sucesivas si estarán en equilibrio.

***Ejemplo***
La fenilcetonuria es un desorden metabólico ocasionado por la deficiencia de la enzima fenilalanina hidroxilasa, esta deficiencia...