cuestionario


INTRODUCCIÓN:
Programa. Conjunto de instrucciones en lenguaje de máquina para realizar una tarea definida.
Hennig86. Programa escrito por Farris (1988) para realizar análisis cladísticos.
Archivo de texto. Archivo que contiene solo símbolos de un lenguaje humano conservando su significado, en nuestro caso, en español.
Editor de texto. Programa para crear archivos de texto. El bloc denotas de Windows es un ejemplo.
Procesador de texto. Programa que permite hacer escritos más complicados que el editor. Puede alterar el tipo de letra, el tamaño, el estilo, etc. Word es un ejemplo. Un procesador de texto también tiene la capacidad de guardar el archivo como archivo de texto.

OBJETIVO:
Utilizar las funciones básicas del programa Hennig86 para realizar análisis cladísticos.MÉTODO:
Con algún editor o procesador de texto crea un archivo de texto que contenga lo siguiente:

xread ← Comando para que Hennig86 sepa que leerá una matriz.
'Mis primeros datos' ← En este lugar va un comentario entre apóstrofos.
5 6 ← Aquí se indica el número de caracteres y el número de taxones.
Speot 10010 ← En cada renglón va un taxón y sus caracteres. Revisa las "consideracionesimportantes".
Licaon 10011
Oso 00000
Perro 01101
Coyote 01100
Lobo 00100
; ← El punto y coma indica el fin de la matriz.
Guárdalo con el nombre de ejercicio.ss

Ejecuta el programa Hennig86 picándole dos veces con el ratón al archivo Ss.com si estás en Windows, si trabajas en MS-DOS teclea SS y aprieta la tecla de Entrada. De esta forma entrarás al programa.
La pantalla que debes de obtenerdebe ser la siguiente:

Hennig86 Version 1.5 Copyright (c) James S. Farris 1988
All rights reserved.
This copy produced for the exclusive use of
Nombre de quien compró el programa
*>

En este momento puedes darle cualquier orden o comando al Hennig86.
Primero ordenémosle que lea o procese (comando proc) nuestros datos.

*>proc ejercicio.ss;

Si el archivo ejercicio.ss no tiene ningúnerror y si tecleaste bien la orden (recuerda poner el punto y coma) Hennig86 podrá leer el archivo y obtendrás lo siguiente:

procedure ejercicio.ss *
xread
Mis primeros datos
*>

Antes de construir los cladogramas debemos indicar al Hennig86 qué tipo de datos tenemos.
Para saber el estado que tienen los caracteres para Hennig86 teclea:

*>ccode;

Obtendrás un listado en donde se informapara cada carácter su peso (1 ), si es aditivo (+) o no (-) y si está activado ([) o no lo está (]). Por omisión todos los caracteres valen uno, son aditivos y están activados.

012345 I
1+[1+[1+[1+[1+[1+[

Si deseas desactivar algún carácter, por ejemplo el 2 y el 4, teclea:

*>ccode ] 1 3;

Vuelve a teclear ccode para cerciorarte de que cambió la activación de esos caracteres.
Paravolverlos a activar los caracteres 2 y 4:

*'>ccode [ 1 3;

Si utilizas caracteres que no son aditivos deberás teclear:

*>ccode -012345;

En ese caso los pusimos a todos como no aditivos. Comprueba que estén como no aditivos tecleando ccode nuevamente.
Para volverlos a poner como aditivos usa el punto:

*>ccode +.;

El punto significa "todos los caracteres", así te ahorras teclear todoslos números.
Una vez que las propiedades de los caracteres hayan quedado como quieres, es posible que desees asignar un grupo externo. El grupo externo por omisión es el primer taxón, el cero para Hennig86, si quieres cambiarlo para que sea el taxón tres (la sp2), teclea:

*>outgroup = oso;

Para comprobar cuál es el grupo externo asignado, teclea:

*>outgroup;

La búsqueda delcladograma más corto puede ser trivial o imposible de realizar dependiendo del tamaño de la matriz y de las características de los datos. Para matrices pequeñas es posible construir todos los cladogramas y escoger el más corto. Para matrices grandes y problemáticas es necesario usar métodos aproximados de búsqueda o sondeos.
Hennig86 tiene en esencia dos tipos de búsquedas, la completa y la azarosa o...