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Hidrografía: San Juan de Lurigancho forma parte del valle del Río Rímac que en su recorrido es el límite natural entre este distrito y el de El Agustino. Además existeotro río que es afluente del Rímac llamado Huaycoloro, límite natural con el Centro Poblado de Santa María de Huachipa.
Ubicación:
El distrito de San Juan de Luriganchoestá ubicado al noreste de la Provincia de Lima, se desarrolla desde la margen derecha del río Rímac hacia las elevaciones del Cerro Colorado Norte, flanqueado hacia el estepor divisoria de Cerro Mirador, Ladrón, Pirámide y Cantería; por el oeste la divisoria la definen los Cerros Balcón, Negro, Babilonia.
Clima: microclima
El clima es detipo desértico con 18° C en promedio. Siendo húmedo en la parte baja (Zárate) y seco en la parte alta (Canto Grande). Mientras el clima de Zárate se asemeja al de LimaCentro en cuanto a la humedad, Canto Grande es más seco, razones por las que muchas personas afectadas por males respiratorios como el asma han encontrado mejora viviendo enesta zona, que además presenta sol todo el año.
Flora y fauna
Los cerros Balcón y San Francisco, las quebradas y Las lomas de Mango marca son el hábitat de plantas comoel mito, el diente de león, la salvia, la ortiga, el tabaco silvestre, la begonia, la tara, el zapallito silvestre, el tomatillo, el trébol y la emblemática flor deamancay. Y entre las especies animales se encuentran el aguilucho grande, el halcón, la lechuza de los arenales y el pájaro pampero. Aunque también pueden observarse diversosinsectos, pequeños reptiles y roedores. Tanto crónicas como testimonios antiguos mencionaban la existencia en el lugar de cernícalos y venados que ahora han desaparecido.