Estudiante

Universidad Nacional Autónoma de MéxicoFacultad de Estudios Superiores CuautitlánBioquímica diagnostica |

Bioinformatica

BLAST

Por: Escobar Chavarría Omar

Grupo: 2001

BLAST
BLAST esuna herramienta muy útil que nos permite realizar el alineamiento entre dos secuencias de genes, esto nos permite conocer los sitios en los que difieren dichas secuencias, con diferentes parámetrosde comparación marcados en porcentaje.
Para acceder a BLAST solo es necesario :
Desde esta página tenemos deferentes opciones de búsqueda, iniciando la pagina la primer opción “BLAST Assebled RefSeqGenomes”, nos permite examinar una serie de especies conocidas, de las cuales se tienen acceso a información especifica de especie.
La segunda opción importante es Basic BLAST, desde donde podemoselegir la opción de BLAST que mas nos convenga y en esta tenemos la opción de trabajar con:
Nuceotide BLAST, desde donde podemos realizar comparación de diferentes secuencias de nucleótidos, enestas comparaciones podemos medir la similitud entre dichas secuencias, que aumentara si pertenece a secuencias con ancestros comunes. Pero también podemos obtener información sobre una sola búsquedaProtein Blast nos permite realizar alineamientos al igual que la opción anterior con la única diferencia que tenemos la opción de utilizar proteínas para realizar dichas comparaciones.
Blastx que nossirve para realizar alineamientos entre proteínas homologas para una region codificante de una secuencia nucleotidica, con esta opción podemos comparar el producto de la traducción de una secuencianucleotidica con otras bases de datos.
TBlastn permite realizar una búsqueda que compara una secuencia proteica con los 6 marcos de traducción de una base de datos nucleotidica.
tBlastTx, estaopción nos permite tomar la secuencia de nucleótidos, traducirla en sus 6 diferentes marcos de lectura y comprar estas traducciones con bases de datos de secuencias traducidas dinámicamente en 6 marcos...