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El descubrimiento de la quinina por el Occidente fecha del final del siglo XVI e inicio del siglo XVII, durante la conquista del Imperio Inca por los españolesen la región del Pavo. En esa época, los invasores españoles tomaron conocimiento de un árbol usado por los indios para curar fiebre.

Una leyenda españoladice que un soldado, sufriendo de un acceso de malária en medio de la selva, bebió el agua amarronzada de una pequeña laguna donde árboles de quinina habíancaído. Él entonces fue dormir, y cuando despertó su fiebre había desaparecido. El soldado concluyó que el agua fue responsable por la cura y que ella era un tipo de"té" hecho del tronco y cáscara de los árboles embebidos en el agua. Maravilhado, él esparció la noticia. Otra leyenda cuenta que los indios observaban queanimales enfermos bebían agua en las lagunas donde árboles de quinina se encontraban.

En 1633 un jesuíta llamado Padre Calancha describió las propiedades decura del árbol en la Crónica de Santo Agostinho:

" Un árbol crece, que ellos llaman de árbol de la fiebre, en la región de Loxa, cuya cáscara tiene color decanela. Cuando transformada en polvo, juntándose una cantidad equivalente al peso de dos monedas de plata, y ofrecida al paciente como bebida, ella cura fiebre y... ha curado miraculosamente en Lima."

Jesuítas en el Pavo comenzaron a utilizar la cáscara del árbol para prevenir y tratar malária. En 1645, el padreBartolomeu Tafur llevó algunas cáscaras para Roma, donde su uso se esparció entre los clérigos. En 1654 la cáscara peruana fue introducida en la Inglaterra.