PCR-múltiple. Uno de los problemas de las técnicas de PCR discutidas anteriormente es que solo permiten la identificación de un solo patógeno a la vez. Con la finalidad desolucionar este problema se ha diseñado la técnica conocida como PCR-múltiple la cual permite la detección de diferentes moléculas o microorganismo de interés en una sola reacción. Enesta técnica se incorporan a la reacción un par de iniciadores por cada uno de las moléculas o microorganismos a detectar, lo cual permite un ahorro en tiempo y costo para ladetección de diferentes microorganismos simultáneamente. Esta técnica presenta retos como el de diseñar todos los iniciadores que se deseen agregar a la reacción con similar temperaturade alineamiento, no deben de presentar homología entre ellos, además de amplificar fragmentos de diferentes longitudes. La sensibilidad de una PCR múltiple es del orden de 102células o de 2.9 pg de ADN de interés. Sin embargo esta sensibilidad puede ser afectada por el diseño ineficiente de los iniciadores (Rodrigues y col., 2003). Esta técnica se hautilizado para la detección de diferentes especies de Listeria en una misma muestra, así como para detectar diferentes microorganismos a la vez como es el caso de Salmonella,Campylobacter, Shigella y E. coli (Babalola, 2003). La PCR múltiple también ha sido usada para detectar diferentes genes de un mismo organismo en una muestra. Células infectadas noretienen todos los genes del virus del papiloma humano por lo tanto usando PCR múltiple se identificó la presencia de varios genes vírales a la vez, lo cual confirmó el agente causal(Karlsen y col., 1996). Esta técnica también es usada para identificar cuales genes de resistencia a antibióticos poseen una determinada cepa bacteriana (Pérez-Roth y col., 2001).
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