Proteinas

Nombre:..Sergio
Apellidos:. Pereletegui
Centro Asociado:…Elche

PRÁCTICA 1. VISUALIZACIÓN DE MACROMOLÉCULAS POR ORDENADOR

El objetivo de esta práctica es facilitar la comprensión de la estructura tridimensional de las biomoléculas, centrándonos en las proteínas. Comenzaremos por analizar sus monómeros, los aminoácidos, para continuar con su estructura secundaria, terciaria y cuaternaria.Contenidos:
ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS
Los monómeros
1. Aminoácidos
Estructura común
Representaciones
Clasificación y estructura
Primer nivel: secuencia
2. Estructura primaria
Enlace peptídico
Péptidos y esqueleto peptídico
Segundo nivel: conformación
3. Estructura secundaria
Hélice alfa
Hoja plegada beta
4. Estructura terciaria
Concepto y representacionesTercer nivel: asociación
5. Estructura cuaternaria
Hemoglobina

Material necesario
- Ordenador con acceso a internet.
- Tener instalado Java en su ordenador; también necesita la aplicación Jmol, que le permite visualizar y manejar libremente modelos moleculares en 3D.
- Para familiarizarse con el uso de Jmol visite: http://biomodel.uah.es/Jmol/jmolguia/inicio.htm y aprenda a manejar elprograma siguiendo las instrucciones que se indican.
- A continuación comience la práctica propuesta visitando la página web:
http://biomodel.uah.es/model1j/prot/inicio.htm

Visite las distintas páginas siguiendo el guión de la práctica y realice los ejercicios propuestos. Conteste a las preguntas que se plantean en este guión en los recuadros disponibles.

ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS
Losmonómeros
1. Aminoácidos
- Estructura común:
Los aminoácidos son las unidades estructurales básicas de las proteínas. Los alfa-aminoácidos se caracterizan por tener un grupo amino y un grupo carboxilo unido al carbono alfa. Al carbono alfa se unen además un átomo de hidrógeno y una cadena lateral R, que distingue a los diferentes aminoácidos. A pH fisiológico, el grupo amino se encuentraprotonado (-NH3+) y el carboxilo sin protonar (-COO–).
- Representaciones:
En la glicina (G), el aminoácido más simple, la cadena R es un átomo de hidrógeno. El modelo de bolas y varillas no refleja ni el tamaño ni la forma real de la molécula, aunque permite distinguir claramente los diferentes átomos y enlaces. Un modelo espacial compacto muestra el tamaño y forma real de la molécula, perodificulta la percepción de la estructura. En el modelo de varillas se muestran sólo los enlaces. Este modelo es adecuado para ver la estructura de moléculas grandes.
Además de la glicina, en las proteínas se encuentran 19 aminoácidos más. Los distintos aminoácidos se diferencian en la estructura de la cadena lateral R. Según la naturaleza de esta cadena lateral podemos clasificar los aminoácidos en5 grupos. Algunas clasificaciones eliminan el grupo de los aminoácidos aromáticos, añadiendo la fenilalanina y el triptófano a los apolares, e incluyendo la tirosina en los polares sin carga por la presencia del grupo hidroxifenilo.
* Clasificación y estructura:
*
La clasificación de los aminoácidos que muestra el autor de la página web es compleja, otra más sencilla se presenta enel siguiente enlace: http://biomodel.uah.es/model3j/inicio.htm y pincha en aminoácidos:
* Alifáticos apolares
* Polares sin carga
* Aromáticos
* Cargados positivamente
* Cargados negativamente
Visualice los diferentes aminoácidos en todas las formas posibles que permite el programa, localice los grupos comunes y las características de la cadena lateral. Paraello, haga uso del botón izquierdo del ratón y despliegue todas las posibilidades de visualización.

Conteste a las siguientes preguntas:
1. Escriba el nombre completo, en código de tres letras y en código de una letra, de un aminoácido de cada uno de los tipos que a continuación se indica:
a. Apolar: | Gly, G |
b. Polar sin carga | Ser, S |
c. Aromático: | Phe, F |
d....