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Sistema de los tres dominios
Artículo principal: Sistema de los tres dominios
En la década de 1980 se produjo un énfasis en la filogenia, lo que llevó a la redefinición de losreinos como grupos monofiléticos, esto es, como grupos de organismos que han evolucionado a partir de un antepasado común. Los reinos Animalia, Plantae y Fungi fueron reducidos alos grupos básicos de organismos estrechamente relacionados y el resto de grupos fue trasladado al reino Protista. Sobre la base de estudios de ARN, Carl Woese dividió a losprocariotas (reino Monera) en dos reinos, denominados Eubacteria y Archaebacteria. Estos dos reinos, junto con plantas, animales, hongos y protistas constituye el sistema de los seisreinos. Este sistema se han convertido en estándar en muchas obras.1
Eubacteria y Archaebacteria fueron renombrados a Bacteria y Archaea, y para remarcar la profunda separaciónfilogenética entre bacterias, arqueas y eucariotas, en 1990 Woese establece el sistema de los tres dominios.2 Según este sistema, el más aceptado actualmente, los seres vivos se dividen enlos dominios Bacteria, Archaea y Eukarya, y a su vez Eukarya se divide en los reinos Protista, Fungi, Plantae y Animalia.
Otras propuestas
Desde entonces, se han propuestomultitud de nuevos reinos eucariotas, pero la mayoría fueron rápidamente invalidados, reclasificados a nivel de filos o clases o abandonados. El único que todavía es usado por algunosautores es el reino Chromista propuesto por Cavalier-Smith7 8 para abarcar organismos tales como algas pardas, algas verde-amarillas, algas doradas, diatomeas, oomicetos y otrosrelacionados. Esta propuesta no ha recibido mucha atención, aunque la cuestión de las relaciones y división en grupos de los seres vivos sigue siendo todavía materia de discusión.