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La enorme complejidad del proteoma de la mayor parte de los organismos vivos obliga al empleo de diversas técnicas para separar las proteínas. Entre las técnicas más comunes seencuentran la electroforesis mono y bidimensional así como la cromatografía líquida en sus distintas variantes.
La técnica más extendida es la electroforesis en gelesde poliacrilamida. Se trata de añadir un detergentedodecilsulfato sódico con el fin de desnaturalizar las proteínas,
La cromatografía líquida también se emplea en el fraccionamiento yseparación de proteomas complejos.

Identificación de proteínas

-Espectrometría de masas
permite analizar la composición de diferentes elementos químicos e isótopos atómicos,separando los núcleos por su relación masa-carga.
Presenta numerosas ventajas frente al método de Edman: es más sensible, permite analizar directamente las mezclas proteicas y ofrece unmayor rendimiento por muestra.

dentificación por huella peptídica
* Análisis MS MALDI-TOF: este equipo traduce el tiempo de vuelo en masas

-Análisis MS/MS
*Digestión solución
* Extracción de los péptidos
* Espectrometría de masas de ionización por electrospray
* La comparación de los datos del espectro de fragmentaciónexperimental con los almacenados en bases de datos es similar al llevado a cabo en la identificación por huella peptídica: las coincidencias entre los datos experimentales y los datos delservidor se muestran en orden decreciente de probabilidad.
Para evaluar la identificación de la proteína se ha de tener en cuenta su presencia en las bases de datos, maximizar laasignación de fragmentos generados y comprobar si las características de la proteína identificada y la proteína problema coinciden.

Ya mario explicara la cromatografía liquida