Las proteinas i los acidos nucleos

Proteínas y ácidos nucleicos
Sobre las aplicaciones de estos potenciales ya las hemos esbozado previamente, y comenzaré explicando la aplicación que tienen actualmente al estudio de la estructurade biomoléculas como proteínas.

En este sentido el Prof. Fraga ha escrito un programa de simulación o diseño de estructuras proteicas tal que dada una secuencia de aminoácidos , construye unacadena peptídica engarzando los residuos o aminoácidos uno a uno y optimizando la conformación alrededor de dicho enlace, variando los ángulos de torsión , y , pudiendo reoptimizarse parte o toda lacadena con posterioridad y a diversos niveles, llegando a una conformación de mínima energía.

Esto es una tarea ardua y de grandes dificultades, debido fundamentalmente al gran número de grados delibertad existentes. A pesar de ello se puede obtener cierta información estructural muy útil, tal como el carácter helicoidal de ciertos fragmentos, que serán zonas rígidas y "frías" y otras zonas menosrígidas o "calientes", así las primeras serán más fácilmente identificables por un receptor que las segundas.

Otras características estructurales importantes que se pueden conocer son las regionesque estan en la superficie, las que se alejan y aproximan en el plegamiento de la cadena proteica.

Esto sería ya de gran importancia, sin embargo este estudio se puede complementar con laconstrucción y análisis de ciertos perfiles de los distintos aminoácidos que forman la proteína, como el de hidrofília, que corresponde al carácter hidrófilo/hidrófobo de los aminoácidos (La escala empleadapor ellos toma el valor cero para la glicina), (Relacionado con la situación externa o interna del fragmento), el del reconocimiento, obtenidos de cálculos mecanocuánticos y que representan la mediade las energías de estabilización de todas las asociaciones biomoleculares de dicho resto con todos los demás (Con una clara relación con las misma característica, cuanto menos reconozcan, más libres...