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Guerra civil
Artículo principal: Genocidio maya.
El coronel Carlos Castillo Armas revirtió muchos de los cambios realizados por el coronel Arbenz con anterioridad, llevando una política que se abanderaba como anticomunista. Fue asesinado en 1957, por lo que el Congreso de la República hubo de nombrar a presidentes interinos sucesivamente para llenar el vacío de poder dejado. Dentro de ellos senombró el General Miguel Ydígoras Fuentes, anterior Ministro de Obras Públicas en la dictadura ubiquista y detractor de las políticas de Arévalo y Arbenz. Ydigoras formó en Guatemala a los activistas que intentaron la fallida Invasión de Bahía de Cochinos. Los boinas verdes (United States Army Special Forces) se instalaron en el país, y entrenaron a su ejército hasta convertirlo en la fuerzarepresiva más poderosa de Centroamérica. Organizaciones como la Mano Blanca o el Ejército Secreto Anticomunista realizaron una actividad violenta que tuvo su paralelismo con los cruentos asesinatos y secuestros realizados por los radicales comandos de la ORPA (Organización del Pueblo en Armas). Dichos guerrilleros izquierdistas fueron patrocinados por el gobierno soviético y cubano. Dicha época fuecaracterizada por las masacres cometidas por las Fuerzas Armadas de Guatemala, financiadas por el gobierno de los Estados Unidos, que recién en la actualidad se están empezando a investigar.
En respuesta a su gobierno cada vez más autocrático, un grupo de oficiales militares de menor rango, entre los que estaba Marco Antonio Yon Sosa, se rebeló, intentando derrocarlo en 1960. Cuando fracasaron,varios huyeron y establecieron lazos estrechos con Cuba. Este grupo se convertiría en el núcleo de las fuerzas armadas de insurgencia que lucharían contra los gobiernos militares durante los 36 años siguientes. Sus cuatro grupos principales guerrilleros de izquierda realizaron sabotajes económicos y ataques armados contra los miembros de las fuerzas de seguridad estatal. Estas organizaciones secombinarían para formar la Unidad Revolucionaria Nacional Guatemalteca (URNG) en 1982.
El gobierno de Miguel Ydígoras Fuentes acabaría en marzo de 1963 bruscamente a manos del Coronel Enrique Peralta Azurdia.
Década de 1970
Poco tiempo después hubo elecciones democráticas y resultó Presidente electo Julio César Méndez Montenegro en 1966. Aunque en un principio parecía haberse conseguido unademocracia transparente, el ejército, que tuteló el gobierno, lanzó una fuerte campaña contra la insurgencia que rompió en gran parte el movimiento guerrillero en el campo y comenzó el conflicto civil que habría de causar centenares de miles de víctimas.
El coronel Carlos Manuel Arana Osorio (1970-1974) fue el primero de una larga serie de jefes de Gobierno militares, que con motivo de detener la accióninsurgente emprendieron sendas campañas contraterroristas, iniciando así una sucesión de militares en el poder que comenzó desde 1954 con la intervención estadounidense. Posteriormente, Arana Osorio alcanzó el grado de General de División. Fue conocido por su crueldad como El Chacal.
En 1974, el general Kjell Lauguerud García derrotó al general Efraín Ríos Montt, en elecciones presidencialesfraudulentas. En 1978, el general Romeo Lucas-García asumió el poder. En 1970 dos nuevos grupos guerrilleros patrocinados por la Unión Soviética y Fidel Castro, el EGP y la ORPA, intensificaron la insurgencia contra los gobiernos militares. En 1979, el presidente estadounidense Jimmy Carter discontinuó la ayuda militar y el sostén económico proveniente de la CIA estadounidense a las Fuerzas Armadas deGuatemala, a causa de los sistemáticos abusos de este contra los derechos humanos de la población.
Década de 1980
Los gobiernos de 1978-1982 (Fernando Romeo Lucas García), 1982-1983 (Efraín Ríos Montt), 1983-1986 (Óscar Humberto Mejía Víctores), con la excusa de una «amenaza comunista», acabaron con todos los movimientos sociales e indígenas de protesta. El ataque gubernamental, que perpetró...