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Felipe Calderón fue electo candidato del Partido Acción Nacional en una elección interna a finales de 2005. En ellas derrotó al Ex Secretario de Gobernación, Santiago Creel, y el ex-Gobernador de Jalisco, Alberto Cárdenas Jiménez, con un muy amplio margen.
Calderón aceptó la nominación de su partido el 4 de diciembre de 2005, y comenzó oficialmente su campaña en enero de 2006.
En el periodoprevio a las elecciones presidenciales de 2006, Calderón rompió el acuerdo entre los partidos políticos de no promocionar a los candidatos presidenciales durante las fiestas de fin de año (2005); así, durante la Tregua navideña decretada por el Instituto Federal Electoral mexicano (IFE), el candidato Felipe Calderón efectuó actos públicos y envió mensajes navideños, al menos en dos ocasiones, antesde que comenzaran formalmente las campañas a la Presidencia.
La campaña de Calderón avanzó de manera considerable tras el primer debate presidencial, en el que no participó el representante de la izquierda Andrés Manuel López Obrador, quien hasta ese momento se mostraba como candidato puntero. Subsecuentemente en las encuestas de opinión, Calderón avanzó hasta superar a su opositor López Obrador,entre marzo y mayo del 2006.
De religión católica, Calderón se opone a la despenalización del aborto, a la eutanasia, y al matrimonio homosexual. Además propuso, entre otras cosas, policías fiscales, mejoramiento de la recaudación y un amplio programa de empleo, siendo ésta su principal bandera.
La principal promesa de campaña fue la creación de más y mejores trabajos, razón por la que seautonombró "El presidente del empleo".
En una entrevista con Denise Maerker, Calderón aceptó que estuvo de acuerdo en la campaña negativa que su partido realizó en contra de Andrés Manuel López Obrador. Opinó que es válido y legítimo que un partido piense que la alternativa contra la que compite es un peligro para México.
Las críticas en su mayoría vinieron de su opositor, Andrés Manuel López Obrador,la coalición que le postulaba y editorialistas de la oposición. Su actuación como Director del banco estatal Banobras, su participación en el rescate bancario (Fobaproa), así como la relación de la empresa de su cuñado Diego Hildebrando Zavala con el gobierno federal, se constituyeron en las críticas más fuertes a su candidatura.
Felipe Calderón fue acusado de otorgarse a pocos meses de iniciarsu gestión al frente del banco estatal Banobras un crédito, el cual fue pagado tras su obtención, de acuerdo con las palabras del presidente.
El Fobaproa ha sido uno de los mayores escándalos desde la crisis económica que vivió el país en 1994.
Durante la campaña presidencial de 2006, el PRD acusó a Felipe Calderón de “ser cómplice” del Fobaproa, asegurando que las acciones del mismo fueronorquestadas por Calderón. Sin embargo, la ejecución del Fobaproa fue hecha por el Poder Ejecutivo, en ese entonces encabezado por el Presidente Ernesto Zedillo, del PRI, mientras que Felipe Calderón participó desde el Poder Legislativo con una propuesta alterna.
En el segundo debate presidencial, Calderón acusó a López Obrador de invitar al ex priísta Arturo Núñez Jiménez a ocupar la candidatura desenador por Tabasco por la Coalición por el Bien de Todos, argumentando que él sí había participado en el Fobaproa. López Obrador, en el mismo debate, aseguró que luego respondería a la acusación, cosa que no hizo.
En el debate presidencial del 6 de junio de 2006, el candidato presidencial Andrés Manuel López Obrador acusó a Felipe Calderón de tráfico de influencias, al haber concedido contratosen PEMEX durante su periodo de ocho meses como secretario de Energía a la compañía de software Hildebrando, que es administrada por Diego Hildebrando Zavala, quien es cuñado de Felipe Calderón. López Obrador también acusó a la compañía de evasión fiscal. Calderón rechazó esa acusación durante el mismo debate.
Diego Zavala había negado insistentemente las acusaciones al principio y había dicho...